| スキル名 | 効果 | 入手条件 |
|---|
| モーグリキャッチャー | モーグリ投げレベルアップ | - |
| モグクイック | モーグリ投げなどで投げたモーグリが素早く帰ってくる | ヲルバ郷のフラグメントをコンプリート
※パラドクスエンディング含む |
| デフレーション | ショップ割引額アップ(25%割引で75%に) | - |
| インフレーション | ショップ買取額アップ(1割アップで55%に) | - |
| チョコボミュージック | チョコボに乗ったときの音楽を変更できます | アルカキルティ大平原のフラグメントをコンプリート |
| 反重力ジャンプ | ジャンプ能力アップ | ストーリーを新都アカデミアAF500年まで進める |
| フィールドキル | フィールド上でモンスターが倒せるようになる | 新都アカデミア4XX年のフラグメント
「学位：モンスター博士」入手 （全モンスターを一度倒す） |
| モンスターコレクター | モンスタークリスタル入手率アップ | ヴァイルビークスのフラグメントをコンプリート |
| エンカウントマスター | フィールドで敵が出現する確率を変更する | ビルジ遺跡orヤシャス山関連のフラグメントをコンプリート |
| バトルマニア | フィールドで強力な敵が出現する確率が上がる | 新都アカデミア400年のフラグメント
「学位：パラドクス博士」入手 （マップコンプリート） |
| いつでもグロウエッグ | バトル後に手に入るクリスタルポイント(CP)が上がる | ビルジ遺跡とヤシャス山関連のフラグメントをコンプリート |
| 女神の視点 | イベントシーンでカメラ操作が可能になる | 特定フラグメント(おそらく「ふしぎなたまご」)の入手、
※かつカテゴリを4種類コンプリート（要検証） |
| クロックマスター | ゲーム全体のスピードを早くしたり、遅くしたりできます。 | 160個のフラグメントをすべて集める |
| グランドクロス | 以前倒せなかったボスが倒せるようになる | クリア後に入手できるようになる |